在逃人员撤销后会有案底吗

不会有案底。案底指当事人过去犯法或犯罪行为的记录，又称犯罪人员犯罪记录制度。所以，案件被撤销，即说明在逃的犯罪嫌疑人没有被依法定罪量刑。所以，该种情况下不会有案底。
《刑法》第三条 法律明文规定为犯罪行为的，依照法律定罪处刑；法律没有明文规定为犯罪行为的，不得定罪处刑。