根据《刑事诉讼法》第一百四十条第四款规定作出的不起诉决定，应视为对案件作出了无罪的决定。检察机关在批捕时即便有部分可以证明有罪的证据，但如果在起诉时仅凭这些证据仍不能证明犯罪嫌疑人有罪，并作出不起诉决定的，在法律上不能认定有罪，应按无罪处理。
对没有犯罪事实的人采取了拘留、逮捕等强制措施，就是侵害了公民的人身自由权利，根据《国家赔偿法》的规定，国家应当给予赔偿。检察院存疑不起诉的案件当事人申请国家赔偿，应当依法启动国家赔偿程序。检察机关的不起诉可分为三种情形：1、犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪或依法不应追究刑事责任的不起诉，称为“绝对不起诉”(或“法定不起诉”);2、依法不需要判处刑罚或免除刑罚的不起诉，称为“相对不起诉”(或“酌定不起诉”);3、证据不足不符合起诉条件的不起诉，称为“存疑不起诉”(或“疑案不起诉”)。